Fedora 10 によるサーバー構築・メニュー Fedora 10 によるサーバー構築（１）：Fedora Core 10 (64bit) のインストール Fedora 10 によるサーバー構築（２）：ネットワーク、ディスプレイの設定 Fedora 10 によるサーバー構築（３）：ユーザー登録とSamba、…
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拡張子sitx のファイルは Mac OS X 標準の圧縮形式なので、Mac上で解凍すればよい。Windowsで解凍したい場合は、アクト・ツーより「StuffIt Expander for Windows」をダウンロードして使用する。 act2 無料ダウンロード http://www.act2.com/download/ act2 …
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BLASTは相同性検索のためのプログラムである。 参考サイト BLASTの利用方法 BLAST利用法 BLASTクイックスタート NCBIサイトでのBLAST検索 NCBI BLAST Basic BLASTプログラムの種類プログラム問い合わせ配列データベース nucleotide blastblastn塩基配列塩基…
はてなTシャツ2009欲しい！ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ 詳細は、上記キーワードをクリック！！ 「アイコン」の黒をSサイズで、お願いします！
［プログラムから開く］−［プログラムの選択…］で、リストに無いプログラムを選択したいときは［参照］ボタンを押してコンピュータ内の実行形式のプログラムを選択すればよい。 それでも選択できない（おそらくプロテクトされている）場合は、FTYPEコマンド…
nkfコマンドは、入力ファイルについてはコードを自動的に判別するので、出力するコードをオプションで指定する。構文 $ nkf [オプション] [入力ファイル名] > [出力ファイル名]主なオプション -e ：EUC-JPで出力 -j ：JIS 7bitで出力 -s ：Shift-JISで出力 -…
動作確認OSはWindows XP、オラクルのバージョンはOracle 10gである。 Windows版 Eclipse Version:3.1.0からのアクセス方法。最新版は対応していなかった（現在は不明）。 Java JSDKの設定 WindowsにJSDKをインストールしておく。 JSDKフォルダ\lib\下に、cla…
動作確認OSはWindows XP、オラクルのバージョンはOracle 10gである。設定方法Windows版のMATLABからOracleデータベースへアクセスするには、TNSNAMES.ORAの設定とODBCドライバーの設定が必要である。 TNSNAMES.ORAの設定 OracleクライアントのTNSNAMES.ORAフ…
動作確認OSはSolaris 9、オラクルのバージョンはOracle 10gである。 ERROR - Could not connect to Oracle</h3>"; exit; } ?> <html> <head> <title>PHP5 test</title> </head> <body> <h3>PHP5 test</h3> </body></html>
動作確認OSはSolaris 9、オラクルのバージョンはOracle 10gである。 #!/usr/local/bin/perl -w use DBI; $oracle_sid = "[接続するDBのSID]"; $user = "scott"; $password = "tiger"; $db = DBI->connect("dbi:Oracle:$oracle_sid", $user, $password, {Auto…
動作確認OSはSolaris 9、オラクルのバージョンはOracle 10gである。 以下の例のように、指定方法が異なる場合がある（原因不明）。 import java.sql.*; class JavaDataAccess01 { public static void main(String args[]) throws SQLException, ClassNotFoun…
動作確認OSは、Solaris 9である。概要 公式サイト http://xmlgraphics.apache.org/fop/ Wikipedia http://ja.wikipedia.org/wiki/Apache_FOP FOPを使うことで、XSL-FOに準拠したXML文書をPDFファイルなどのファイル形式に変換したり、コンピュータの画面やプ…
動作確認OSは、Solaris 9である。概要 公式サイト http://xmlgraphics.apache.org/batik/ 日本語版ドキュメント http://jpfop.sourceforge.net/jaxml-batik/html-docs/ BatikはJava技術に基づく、SVGフォーマットのイメージを、表示する、生成する、変換する…
手順距離関数Dist()で類似度を求め、hclust()でクラスタリングし、heatmap()のColv,Rowvオプションにdendrogram()を指定して出力する。プログラム例 library(amap) # Heatmapグラフ作成 # # ファイルの読み込み data <- read.table("test.txt", header=TRUE,…
Fisher's exact test. fisher_exact()関数（霧笛作成）を使用する。 引数 data : データ値のベクトル(2 * 2) data = [a b; c d] alpha : 有意水準 both : 0 片側検定 1 両側検定 返り値 h : 0 帰無仮説は採択される → 2要因は独立でないとはいえない 1 帰無…
Chi-square goodness-of-fit test. chi2gof()関数を使用する。詳細は、ヘルプ参照。 主な引数 x : データ値のベクトル 多次元にする方法が不明。とりあえず、一次元で計算する。 N = (行の数 * 列の数) 'ctrs' : ビンの中央値ベクトル 'frequency': 観測値ベ…
tab区切りtext fileのインポートtextscan()関数テキストヘッダを含んだtab区切りtextファイルをインポートできる。文字列と数値が混在したデータを、セル配列に読み込める。 詳細 テキストデータのインポート テキストヘッダを含む数値データのインポート ce…
環境変数の設定環境変数HTTP_proxyを設定する。 ただし、環境変数は、言語により大文字・小文字の区別があるので注意すること。 HTTP_proxy - Perlの設定 http_proxy - BioRubyの設定 .cshrc setenv HTTP_proxy [プロキシのURI] .bashrc export HTTP_proxy=[…
環境変数の設定環境変数SOAP_USE_PROXY, http_proxyを設定する。 ただし、環境変数は、言語により大文字・小文字の区別があるので注意すること。 http_proxy - BioRubyの設定 HTTP_proxy - Perlの設定 .cshrc setenv SOAP_USE_PROXY on setenv http_proxy […
ハッシュの配列を使用すると、構造化されたデータの配列にアクセスできる。 プログラム例−セットする側 # データ構造は、ハッシュの配列。 my @hash_array = (); sub get_tmp() { open(IN,"<$tmp_file") || die "$tmp_file open error"; while(<IN>){ chomp; my </in>…
配列のハッシュを使用すると、複数あるデータにハッシュキーでアクセスできる。 プログラム例−セットする側 # データ構造は、配列のハッシュ。 my %gene_tmp = (); sub get_tmp() { open(IN,"<$tmp_file") || die "$tmp_file open error"; while(<IN>){ chomp; m</in>…
