PerlによるKEGGデータベースへのアクセス

環境変数の設定

環境変数HTTP_proxyを設定する。
ただし、環境変数は、言語により大文字・小文字の区別があるので注意すること。

• HTTP_proxy - Perlの設定
• http_proxy - BioRubyの設定

.cshrc
    setenv HTTP_proxy [プロキシのURI]

.bashrc
    export HTTP_proxy=[プロキシのURI]

.profile
    HTTP_proxy=[プロキシのURI]
    export HTTP_proxy

公式サイト

• Web API for Biology(WABI)
• Web API for Biology(WABI)チュートリアル（実例・ノウハウありのおすすめサイト）

KEGGデータベースへのアクセス（KEGG API使用）

KEGG APIメソッド

• 利用可能なメソッドの一覧は、KEGG API Japanese manualを参照のこと。

KEGG APIの使用例

• 大腸菌の b0002 遺伝子と最も相同性の高い遺伝子を、Smith-Waterman スコアの高い順に 5 個検索して表示するプログラム

Smith-Waterman.plの内容

#!/usr/bin/env perl
  
use SOAP::Lite;
  
$wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
$serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
  
$start = 1;
$max_results = 5;
  
$top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', $start, $max_results);
  
foreach $hit (@{$top5}) {
    print "$hit->{genes_id1}\t$hit->{genes_id2}\t$hit->{sw_score}\n";
}

• KEGG の SSDB データベースを使って KEGG の GENES に含まれている各生物種の中から最も相同性の高い遺伝子を探すプログラム


eco.plの内容

#!/usr/bin/env perl

use SOAP::Lite;

$wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
$results = SOAP::Lite
      -> service($wsdl)
      -> list_pathways("eco");

foreach $path (@{$results}) {
    print "$path->{entry_id}\t$path->{definition}\n";
}