BLASTは相同性検索のためのプログラムである。 参考サイト BLASTの利用方法 BLAST利用法 BLASTクイックスタート NCBIサイトでのBLAST検索 NCBI BLAST Basic BLASTプログラムの種類プログラム問い合わせ配列データベース nucleotide blastblastn塩基配列塩基…

手順距離関数Dist()で類似度を求め、hclust()でクラスタリングし、heatmap()のColv,Rowvオプションにdendrogram()を指定して出力する。プログラム例 library(amap) # Heatmapグラフ作成 # # ファイルの読み込み data <- read.table("test.txt", header=TRUE,…

Fisher's exact test. fisher_exact()関数（霧笛作成）を使用する。 引数 data : データ値のベクトル(2 * 2) data = [a b; c d] alpha : 有意水準 both : 0 片側検定 1 両側検定 返り値 h : 0 帰無仮説は採択される → 2要因は独立でないとはいえない 1 帰無…

Chi-square goodness-of-fit test. chi2gof()関数を使用する。詳細は、ヘルプ参照。 主な引数 x : データ値のベクトル 多次元にする方法が不明。とりあえず、一次元で計算する。 N = (行の数 * 列の数) 'ctrs' : ビンの中央値ベクトル 'frequency': 観測値ベ…

環境変数の設定環境変数HTTP_proxyを設定する。 ただし、環境変数は、言語により大文字・小文字の区別があるので注意すること。 HTTP_proxy - Perlの設定 http_proxy - BioRubyの設定 .cshrc setenv HTTP_proxy [プロキシのURI] .bashrc export HTTP_proxy=[…

環境変数の設定環境変数SOAP_USE_PROXY, http_proxyを設定する。 ただし、環境変数は、言語により大文字・小文字の区別があるので注意すること。 http_proxy - BioRubyの設定 HTTP_proxy - Perlの設定 .cshrc setenv SOAP_USE_PROXY on setenv http_proxy […