BLASTの使用方法

BLASTは相同性検索のためのプログラムである。

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NCBIサイトでのBLAST検索

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Basic BLASTプログラムの種類

	プログラム	問い合わせ配列	データベース
nucleotide blast	blastn	塩基配列	塩基配列
protein blast	blastp	アミノ酸配列	アミノ酸配列
blastx	blastx	塩基配列（翻訳後比較）	アミノ酸配列
tblastn	tblastn	アミノ酸配列	塩基配列（翻訳しながら比較）
tblastx	tblastx	塩基配列（翻訳後比較）	塩基配列（翻訳しながら比較）

nucleotide blast

1. Enter Query Sequence

問い合わせ配列（Acession number, gi, または FASTAシーケンス）を入力する。


例）FASTAシーケンス
>gi|145336176|ref|NM_102535.2| Arabidopsis thaliana protein binding (AT1G27700) mRNA, complete cds
TAATTTGGCTAATCGATGAACGAACGTTCCCTCTCTTCTCTGAAATCTTTCTCGATCCATCCATCTTCTC
CATTTTCCTCCATTTCTGGGTTTCTTCTCATCTTCCAAGGATTAGGAAATTAGTTTGTTTTTTTTCATCT
GCTCAAGTGATGACGACGAGTTTGGATCGGTGGGAGAAAGATCCTTTCTTTCCCGCTGCTGAAGAAGTTC
AGGAATCTGCCGACAGGATGGAGTCAGCGTACAGGACATGGCTCAATGGGAAACGAGACTCTTCAAAAGT
ATGGGACTCTGAGCAGCTTCATAGAGATCTTCACGCAGCTCTTGGAACCACCAAATGGCAGTTAGATGAA
TTCCAAAAAGCTGTCAAATCTAGCTATGACAATCGTTTGAGTGATGAAACTAGAGATAGGCATCGTGAGT
TTACTTTCGTAATGGAAGCTCAAGTGTCGAAAATCGAGAAATCTCTCAAGGAAGCTGCGCAATCCGATGG
GAAAGGAACACCGAGATGGGTTCGTTTGGATGAAGATGATCGTAATGAGCTTGCTCTCTTCTTGACTGGT
CCATCTGAATCTGCTAAAGCAAATCCTAATGGACATAGAAGGACTGCAAGTGCTGCTGAATTCAGTGCTT
GGAACATTGCGGTTTCTGATGATGGTTTAGTGAAGAAATCTTGTGATGAGCCAGTGGTTCGACCTCCGAG
GAAAGTACCTAGCTTCTCTGGATTCTTGAATTATATGGATCCTGTGTCCAAGCATTGCAATAGAAAGTGG
AAGGGTTTAGATCGTCAAGGAGACTCTGATGCTGCTTTATTACCTATCCAAGCTAACCAACAAGATATGA
ATGGATGTTCAGAGAGGGGCAAGAGTTGTATGGAGTGTGAGGAGGACTGTTATGAAAAGCAGCTTCATGG
TTGGTATGGAGCTCTACAGAGGCAACTCCAACGGTCTCAGTATCGAATGCGATATAGTAAATCGGTTCAC
GCTGCAATTTGGATTATTCTTTTAGTTTTTCTTATTGTGGTAGTTGCAGTGCATTCAATGTAGAAGAGAG
GTTTGGAATAGCAAGGTTCGAGTTCATTCATCTTCTGTGTAACAGCGAAAGAGACGAATTTGGCAATCCA
CATTTTTACTGTACAGTAAATTCCAACTGTTTTTGGTTGTTTGTAATATAGAAATGCATTTTTTTGGTTC
GATTATTTGAAACGGGTTTCATTGAGCAATCATTGTTTTCTTAGGCACC

2. Chose Search Set


Databaseを選択するか、Entrez Queryを入力する。

例）Databaseから「Others (nr etc.)」を選択する。
「Nucleotide collection (nr/nt)」が選ばれる。

3. Program Selection


検索エンジンを選択する。

例）「Highly similar sequences (megablast)」を選択する。

4. ［BLAST］ボタンをクリック

BLAST検索結果

Graphic Summary

問い合わせ配列にヒットした配列の分布

Descriptions

Accession       :Acession number
Description     :説明
Max score       :類似性の最大スコア
Total score     :類似性のトータルスコア
Query coverage
E value         :偶然に同じスコアになる配列の数の期待値
Max ident
Links

Alignments

問い合わせ配列とのアライメント

blast検索結果の表示フォーマット変更

1. 結果画面の上部の「Formatting options」をクリックする。
2. 出力フォーマット指定画面のAlignment Viewメニューを「Pairwise」から「Flat query-anchored with dots for identities」に変更する。
3. 右上の［Reformat］ボタンをクリックして再描画する。
4. blastの結果がマルチプルアライメントで表示される。問い合わせ配列と同じ配列は"."で、違うところだけがACGTとなる。