2009-08-24

Fedora 10 によるサーバー構築（４）：Apacheのインストールと設定

linux

Fedora 10 によるサーバー構築・メニュー

Fedora Core 10 (64bit) でサーバーを構築する。

Apacheのインストールと設定

Apacheのインストール → /usr/local/apache2/

（注意）Apache2.2はインストールされているが、古いバージョンのApache2.0を使用する必要があったため、さらにインストールした。必要なければスルーのこと。

apache用のユーザでログイン
既存のApacheの情報を確認する

 $ yum info httpd
 Name      : httpd
 Arch      : x86_64
 Version   : 2.2.11
 Release   : 2.fc10
 Size      : 2.8 M
 Repo      : installed

既存のApacheがどこにインストールされているかを確認しておく

 $ which httpd
 /usr/sbin/httpd

該当バージョンのhttpdをダウンロード

Apache公式サイト
- http://httpd.apache.org

展開してインストール

mod_rewrite

rewrite

 $ gzip -dc httpd-2.0.63.tar.gz | tar xvf -
 $ cd httpd-2.0.63
 $ ./configure --enable-so --enable-rewrite=shared
 $ make
 # make install

Apacheの設定

（注意）インストール済のApacheを使用する場合は、apache2のルートディレクトリが異なるので適宜置き換えること。

/usr/local/apache2/conf/httpd.confの編集

参考URL
- A Users Guide to URL Rewriting with the Apache Webserver mod_rewrite
- Apache2/5.httpd.confの編集

 LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so

 User ［ユーザー名］
 Group ［グループ名］
 ServerAdmin ［Adminユーザのメールアドレス］
 ServerName ［サーバー名］:80
 DirectoryIndex index.html index.htm index.html.var index.php index.jsp

 #DocumentRoot "/usr/local/apache2/htdocs"
    ↓変更
 DocumentRoot "/var/www/html"

 #<Directory "/usr/local/apache2/htdocs">
    ↓変更
 <Directory "/var/www/html">

 #Alias /icons/ "/usr/local/apache2/icons/"
    ↓変更
 Alias /icons/ "/var/www/icons/"

 #<Directory "/usr/local/apache2/icons">
    ↓変更
 <Directory "/var/www/icons">
    Options Indexes MultiViews
    AllowOverride None
    Order allow,deny
    Allow from all
 </Directory>

 #ScriptAlias /cgi-bin/ "/usr/local/apache2/cgi-bin/"
    ↓変更
 ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/cgi-bin/"

 #<Directory "/usr/local/apache2/cgi-bin">
    ↓変更
 <Directory "/var/www/cgi-bin">
    AllowOverride None
    Options None
    Order allow,deny
    Allow from all
 </Directory>

 AddHandler cgi-script .cgi .pl

 AddType text/html .shtml
 AddOutputFilter INCLUDES .shtml

 #Alias /error/ "/usr/local/apache2/error/"
 Alias /error/ "/var/www/error/"

 #<Directory "/usr/local/apache2/error">
 <Directory "/var/www/error">
        AllowOverride None
        Options IncludesNoExec
        AddOutputFilter Includes html
        AddHandler type-map var
        Order allow,deny
        Allow from all
        LanguagePriority en cs de es fr it ja ko nl pl pt-br ro sv tr
        ForceLanguagePriority Prefer Fallback
 </Directory>

httpdを起動する。

 # cd /usr/local/apache2/bin
 # ./apachectl start

WEBにアクセスして、画面が表示されればOK。

httpdを停止する。

 # ./apachectl stop

Apacheのエラーログ（/usr/local/apache2/logs/error_log）について

File does not exist: 〜/favicon.ico

File does not exist: 〜/robots.txt

Apache 自動起動の設定

（注意）インストール済のApacheを使用する場合は、apache2のルートディレクトリが異なるので適宜置き換えること。

httpd起動スクリプトの編集

 # cd /etc/rc.d/init.d
 # vi httpd

 #apachectl=/usr/sbin/apachectl
  ↓
 apachectl=/usr/local/apache2/bin/apachectl

 #httpd=${HTTPD-/usr/sbin/httpd}
  ↓
 httpd=${HTTPD-/usr/local/apache2/bin/httpd}

 #pidfile=${PIDFILE-/var/run/httpd.pid}
  ↓
 pidfile=${PIDFILE-/usr/local/apache2/logs/httpd.pid}

httpd 自動起動設定と確認

 # chkconfig --level 2345 httpd on
 # chkconfig --list tomcat
 tomcat          0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off

Apacheの起動・終了・再起動

 # service httpd start
 # service httpd stop
 # service httpd restart

2009-07-30

Fedora 10 によるサーバー構築（３）：ユーザー登録とSamba、SSH、FTPサーバーの設定

linux

Fedora 10 によるサーバー構築・メニュー

Fedora Core 10 (64bit) でサーバーを構築する。

ユーザーの登録とsudoの設定

ユーザーの登録

［システム］メニュー［管理］-［ユーザーとグループ］を選ぶ。
［ユーザーを追加］をクリックし、ユーザー名やパスワード等を入力する。
環境変数の設定

例）
  JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_14
  CATALINA_HOME=/usr/local/tomcat6
  export JAVA_HOME
  export CATALINA_HOME

  CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:$CATALINA_HOME/common/lib
  PATH=$PATH:$HOME/bin:$JAVA_HOME/bin:$CATALINA_HOME/bin
  export CLASSPATH
  export PATH

sudoの設定

root になれるユーザーを追加

［ユーザー名］       ALL=(ALL)       ALL

sudoの使用方法

 % su ［コマンド］
 ユーザーのパスワードを入力

シェルを実行し、継続してroot になる。

 % su -s
 ユーザーのパスワードを入力
 #
 # exit

Sambaの設定

sambaのインストールと設定

samba, system-config-sambaをインストールする。

  # yum install samba system-config-samba

［システム］メニュー［管理］-［Samba］を選ぶ。

［プレファレンス］メニュー［サーバー設定］を選ぶ。ワークグループを入力する。

［プレファレンス］メニュー［Sambaのユーザー］を選ぶ。［ユーザーの追加］ボタンをクリックし、Unixユーザー名、Windowsユーザー名、Sambaのパスワードを入力する。

［システム］メニュー［管理］-［サービス］を選ぶ。一覧から「smb」を選択して［有効］［再開始］をクリックする。

［システム］メニュー［管理］-［SELinux Management］を選ぶ。「選択：」から「ブーリアン値」を選び、フィルターに「samba」と入力して［Enter］。下の一覧から「Allow samba to share users home directories」にチェックを入れる。

別項目（ページ最下段）のファイアーウォールの設定を行う。

Sambaの共有ディレクトリの設定

必要なら、Sambaの共有ディレクトリを設定する。

例）「/var/samba/share」を共有ディレクトリとする場合。
  # mkdir -p /var/samba/share
  # chmod 777 /var/samba/share
  # chcon -R -t samba_share_t /var/samba/share

［システム］メニュー［管理］-［Samba］を選ぶ。［共有を追加］をクリックする。共有作成画面でディレクトリに「/var/samba/share」を入力し「書き込み可能」と「可視」にチェックを入れる。

［アクセス］タブで、アクセスを許可するユーザーを選択する。

Windowsからのアクセス

Windowsの［ネットワーク］を選択し「ホスト名」をクリックすると、ディレクトリにアクセスできる。
「ホスト名」のエイリアスを作成してデスクトップ等に置いておくと便利。

SSHサーバーの設定

［システム］メニュー［管理］-［サービス］を選ぶ。一覧から「sshd」を選択し、停止している場合は［有効］［開始］をクリックする。
必要なら、SSHでのrootからのログインを禁止する。「/etc/ssh/sshd_config」を編集後、サービスを［再開始］する。

  #PermitRootLogin yes
   ↓
  PermitRootLogin no

必要なら、鍵交換方式による認証を設定する。

FTPサーバーの構築

vsftpdをインストールする。

  # yum install vsftpd

［システム］メニュー［管理］-［サービス］を選ぶ。一覧から「vsftpd」を選択して［有効］［開始］をクリックする。

［システム］メニュー［管理］-［SELinux Management］を選ぶ。「選択：」から「ブーリアン値」を選び、フィルターに「ftp」と入力して［Enter］。下の一覧から「Allow ftp to read and write files in the user home ftp_home_dir」にチェックを入れる。

別項目（ページ最下段）のファイアーウォールの設定を行う。

ファイアーウォールの設定

手動で設定している場合は上書きされるので、ファイアーウォールの設定ツールを使用しないこと。
［システム］メニュー［管理］-［ファイアーウォール］を選ぶ。
「信頼したサービス」で必要なサービスにチェックを入れる。
「その他のポート」で［追加］をクリックし、必要なサービスにチェックを入れる。
［適用］をクリックすると、対応するポートが開く。

2009-07-29

Fedora 10 によるサーバー構築（２）：ネットワーク、ディスプレイの設定

linux

Fedora 10 によるサーバー構築・メニュー

Fedora Core 10 (64bit) でサーバーを構築する。

ネットワークの設定

「NetworkManager」ではなく、「init.d/network」を利用して管理する。

NetworkManagerサービスの停止
以下のファイルを編集し、設定を追加する。ネットワークを再起動する。詳細はパス。

  /etc/sysconfig/network 
  /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
  /etc/hosts
  /etc/resolv.conf

networkサービスの開始

システムのアップデート

［システム］メニュー［管理］-［Update System］を選ぶ。
アップデートパッケージが存在する場合は、その数が表示される。
［Update System］ボタンをクリックする。

ディスプレイの設定

これを実行しておかないと、リブートしたときにX Windowが起動しなくなることがあるので注意。

ディスプレイ設定ツールによる設定

ディスプレイ設定ツールをインストールする。

  # yum install system-config-display

［システム］メニュー［管理］-［ディスプレイ］でディスプレイ設定ツールを起動する。解像度、色の深さを設定できる。

［ハードウェア］タブで、モニタータイプの［設定］ボタンをクリックする。

「使用可能なモニターをすべて表示」にチェックを入れ、モニターのモデルを選択する。

［ビデオカード］タブで、ビデオカードのモデルを選択する。

［システム］メニューから［ユーザー名のログアウト］して、ログインし直す。

画面設定に成功したら、設定ファイル「/etc/X11/xorg.conf」のバックアップを取っておくと安心。X Windowの表示がおかしくなったときは、バックアップを戻してからログインし直せばいい。

X Windowが起動しない場合の対処方法

万が一、X Windowが起動せず、（画面と気分が）真っ暗になった場合の対処方法について説明する。

［Control］+［Alt］+［F2］でテキストモードにして、rootでログインする。
コマンドプロンプトから、ディスプレイ設定ツールを起動する。

  # system-config-display

ディスプレイ設定ツールによって再設定する。

そもそもsystem-config-displayが起動しない場合は「/etc/X11/xorg.conf」を直接編集するか、Fedoraの再インストールした方が早い。テキストモードでのシャットダウンコマンドは以下の通り。

  # shutdown -h now

2009-07-14

Fedora 10 によるサーバー構築（１）：Fedora Core 10 (64bit) のインストール

linux

Fedora 10 によるサーバー構築・メニュー

Fedora Core 10 (64bit) でサーバーを構築する。

参考書籍
- 「Fedora 10で作る最強の自宅サーバー (CD/DVD付)」福田和宏ソーテック社
- 「Fedora 11で作る最強の自宅サーバー (DVD-ROM1枚&CD-ROM2枚付)」福田和宏ソーテック社

参考URLFedora Core 10 (64bit)

Fedora 10ダウンロードサイト
- Fedora Fedora/10 Public Active Mirrors

Fedora Core 10 (64bit) のインストール

インストール手順

Fedora-10-x86_64-DVD.isoファイルを上記ミラーサイトからダウンロードする（マシンに応じたファイルを選ぶこと）。
Fedora-10-x86_64-DVD.isoファイルをダブルクリックしてCD/DVD-Writerソフトを起動し、DVDディスクに焼く。
マシンの電源を入れて、FedoraのインストールDVDをドライブに挿入する。Fedoraのブート画面が表示される。
［Disc Found］のダイアログが出るので、［Tab］キーを押してメディアチェックをスキップする。
Fedoraのロゴが表示されるので、［Next］を選ぶ。
インストールプロセスに使用する言語として「Japanese(日本語)」を選択する。
マシンに接続しているキーボードの種類として「Japanese」を選択する。
「デバイス sda(...)のパーティションテーブルを読み込めません。...このドライブを初期化して、すべてのデータを消去しますか?」と聞いてくるので［はい］を選択する。
同様に、デバイス sdb(...)のパーティションの初期化についても［はい］を選択する（ハードディスク2基搭載のため）。
ホスト名を入力する。
タイムゾーンとして「アジア/東京」を選択する。「システムクロックでUTCを使用」のチェックを外す。
ルートパスワードを入力する。
「選択したドライブ上のすべてのパーティションを削除してデフォルトのレイアウトを作成します」を選択する。念のため、「パーティションレイアウトの再確認と変更」にチェックを入れておく。
パーティションレイアウトを確認する。
「パーティション設定をディスクに書き込み中」という削除と再フォーマットのダイアログが出るので［変更をディスクに書き込む］を選択する。ファイルシステムのフォーマットにしばらく時間がかかる。
「ブートローダーを /dev/sda にインストールする。」にチェックを入れる。
インストールするソフトウェアのセットは、とりあえずすべてチェックを外す。追加リポジトリは「Installation Repo」のみ。「後でカスタマイズする」を選択する。インストールにしばらく時間がかかる。
インストールが完了したら［再起動］を選択する。
ディスクが取り出せないままリブートし、再びインストーラーが起動したので、［Ctrl］+［Alt］+［Delete］で終了したらディスクが排出された。
「ようこそ」画面が表示される。
ライセンス情報が表示される。
「ユーザーの作成」画面で、ユーザー名・フルネーム・パスワードを入力し、一般ユーザーを作成する。
日付と時刻を設定する。
「ハードウェアプロフィールを送信しない」を選択する。確認ダイアログで「いいえ、送信しません」を選択する。
作成したユーザーでログインする。

2009-07-07

BLASTの使用方法

analysis Bio

BLASTは相同性検索のためのプログラムである。

参考サイト

NCBIサイトでのBLAST検索

- NCBI BLAST

Basic BLASTプログラムの種類

	プログラム	問い合わせ配列	データベース
nucleotide blast	blastn	塩基配列	塩基配列
protein blast	blastp	アミノ酸配列	アミノ酸配列
blastx	blastx	塩基配列（翻訳後比較）	アミノ酸配列
tblastn	tblastn	アミノ酸配列	塩基配列（翻訳しながら比較）
tblastx	tblastx	塩基配列（翻訳後比較）	塩基配列（翻訳しながら比較）

nucleotide blast

Enter Query Sequence

FASTA

例）FASTAシーケンス
>gi|145336176|ref|NM_102535.2| Arabidopsis thaliana protein binding (AT1G27700) mRNA, complete cds
TAATTTGGCTAATCGATGAACGAACGTTCCCTCTCTTCTCTGAAATCTTTCTCGATCCATCCATCTTCTC
CATTTTCCTCCATTTCTGGGTTTCTTCTCATCTTCCAAGGATTAGGAAATTAGTTTGTTTTTTTTCATCT
GCTCAAGTGATGACGACGAGTTTGGATCGGTGGGAGAAAGATCCTTTCTTTCCCGCTGCTGAAGAAGTTC
AGGAATCTGCCGACAGGATGGAGTCAGCGTACAGGACATGGCTCAATGGGAAACGAGACTCTTCAAAAGT
ATGGGACTCTGAGCAGCTTCATAGAGATCTTCACGCAGCTCTTGGAACCACCAAATGGCAGTTAGATGAA
TTCCAAAAAGCTGTCAAATCTAGCTATGACAATCGTTTGAGTGATGAAACTAGAGATAGGCATCGTGAGT
TTACTTTCGTAATGGAAGCTCAAGTGTCGAAAATCGAGAAATCTCTCAAGGAAGCTGCGCAATCCGATGG
GAAAGGAACACCGAGATGGGTTCGTTTGGATGAAGATGATCGTAATGAGCTTGCTCTCTTCTTGACTGGT
CCATCTGAATCTGCTAAAGCAAATCCTAATGGACATAGAAGGACTGCAAGTGCTGCTGAATTCAGTGCTT
GGAACATTGCGGTTTCTGATGATGGTTTAGTGAAGAAATCTTGTGATGAGCCAGTGGTTCGACCTCCGAG
GAAAGTACCTAGCTTCTCTGGATTCTTGAATTATATGGATCCTGTGTCCAAGCATTGCAATAGAAAGTGG
AAGGGTTTAGATCGTCAAGGAGACTCTGATGCTGCTTTATTACCTATCCAAGCTAACCAACAAGATATGA
ATGGATGTTCAGAGAGGGGCAAGAGTTGTATGGAGTGTGAGGAGGACTGTTATGAAAAGCAGCTTCATGG
TTGGTATGGAGCTCTACAGAGGCAACTCCAACGGTCTCAGTATCGAATGCGATATAGTAAATCGGTTCAC
GCTGCAATTTGGATTATTCTTTTAGTTTTTCTTATTGTGGTAGTTGCAGTGCATTCAATGTAGAAGAGAG
GTTTGGAATAGCAAGGTTCGAGTTCATTCATCTTCTGTGTAACAGCGAAAGAGACGAATTTGGCAATCCA
CATTTTTACTGTACAGTAAATTCCAACTGTTTTTGGTTGTTTGTAATATAGAAATGCATTTTTTTGGTTC
GATTATTTGAAACGGGTTTCATTGAGCAATCATTGTTTTCTTAGGCACC

Chose Search Set

例）Databaseから「Others (nr etc.)」を選択する。
「Nucleotide collection (nr/nt)」が選ばれる。

Program Selection

検索エンジン

例）「Highly similar sequences (megablast)」を選択する。

［BLAST］ボタンをクリック

BLAST検索結果

Graphic Summary

問い合わせ配列にヒットした配列の分布

Descriptions

Accession       :Acession number
Description     :説明
Max score       :類似性の最大スコア
Total score     :類似性のトータルスコア
Query coverage
E value         :偶然に同じスコアになる配列の数の期待値
Max ident
Links

Alignments

問い合わせ配列とのアライメント

blast検索結果の表示フォーマット変更

結果画面の上部の「Formatting options」をクリックする。
出力フォーマット指定画面のAlignment Viewメニューを「Pairwise」から「Flat query-anchored with dots for identities」に変更する。
右上の［Reformat］ボタンをクリックして再描画する。
blastの結果がマルチプルアライメントで表示される。問い合わせ配列と同じ配列は"."で、違うところだけがACGTとなる。

2009-06-26

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2009-06-25

Windowsアプリケーションの拡張子との関連付け

windows

［プログラムから開く］−［プログラムの選択…］で、リストに無いプログラムを選択したいときは［参照］ボタンを押してコンピュータ内の実行形式のプログラムを選択すればよい。
それでも選択できない（おそらくプロテクトされている）場合は、FTYPEコマンドでそのファイルが開かれる際のコマンド（オープンコマンド）を設定し直す必要がある。

ASSOCコマンドで、拡張子に関連付けられたファイルタイプを確認する。

C:\> assoc .txt
.txt=txtfile

FTYPEコマンドで、ファイルタイプに対応するオープンコマンドを確認する。

C:\> ftype txtfile
txtfile="%SytemRoot%\system32\NOTEPAD.EXE" "%1"

FTYPEコマンドで、ファイルタイプにオープンコマンドを設定する。

C:\> ftype txtfile="C:\Program Files\tpad093\TeraPad.exe" "%1"

Apacheのインストールと設定

Apacheのインストール → /usr/local/apache2/

Apacheの設定

Apache自動起動の設定

ユーザーの登録とsudoの設定

ユーザーの登録

sudoの設定

Sambaの設定

sambaのインストールと設定

Sambaの共有ディレクトリの設定

Windowsからのアクセス

SSHサーバーの設定

FTPサーバーの構築

ファイアーウォールの設定

ネットワークの設定

システムのアップデート

ディスプレイの設定

ディスプレイ設定ツールによる設定

X Windowが起動しない場合の対処方法

Fedora Core 10 (64bit) のインストール

インストール手順

NCBIサイトでのBLAST検索

Basic BLASTプログラムの種類

nucleotide blast

BLAST検索結果

blast検索結果の表示フォーマット変更

Apache 自動起動の設定